Si, dans le passé, plusieurs théories se sont affrontées sur l'origine exacte du peuplement des îles polynésiennes, il ne fait maintenant plus aucun doute que les polynésiens sont originaires du Sud-Est asiatique. Les analyses HLA effectuées en 1971 par le Professeur DAUSSET (prix Nobel de Médecine) sur différentes populations ont, en effet, clairement montré que les migrations polynésiennes sont venues de l'Ouest (Asie) et non pas de l'Est (Amérique du Sud).
Les Polynésiens seraient originaires de Taiwan et de l'Asie du Sud-Est. Il resterait encore quelques-uns de leurs lointains parents dans les montagnes et les forêts du nord de Taiwan (il ne s'agit pas de chinois mais de proto-asiatiques). Cette migration remonterait vers 1700 avant notre ère, en passant par les Philippines, puis la nouvelle Guinée, les Salomons, les Fidji. Le taro, originaire des régions indo-birmanes, aurait été importé en Polynésie environ 1000 ans avant notre ère. L'arrivée des premiers habitants aux Marquises se situerait vers 200 ans avant J.C. d'où ils seraient partis pour Tahiti au cours du 1er siècle puis vers les Gambiers et les Tuamotu vers 1275.
Par l'expédition du radeau Kon Tiki, entre le 27 avril et le 30 juillet 1947, Thor Heyerdahl et ses 5 hommes d’équipage avaient voulu démontrer que les Polynésiens étaient des Indiens venus du Pérou car les prédécesseurs des Incas et certains ancêtres polynésiens avaient adoré le même dieu solaire : Kon-Tiki. D'autre part la patate douce est originaire d'Amérique du sud. La traversée est de 4 300 milles entre le Pérou (Callao) et l’archipel des Tuamotu (île de Puka Puka).